A função gastrointestinal do estômago e intestinos da criança aproxima-se gradualmente da de um adulto com cerca de 3 anos de idade na pré-escola, quando pode comer as mesmas refeições que os adultos, mas antes disso, o estômago e intestinos da criança ainda são imaturos e propensos a problemas. Na infância, o estômago é horizontal e o esfíncter pancreático superior é relaxado enquanto o piloro inferior é tenso, facilitando o refluxo do leite do estômago para o esófago, provocando o transbordamento. O volume do estômago é também relativamente pequeno na infância, de 30-35 ml para um recém-nascido de termo completo a 100 ml aos 3 meses e 300 ml até à idade de 1 ano. O volume de comida dada ao bebé não deve ser demasiado, uma vez que demasiado irá causar vómitos. Quanto mais nova for a criança, menos ácido estomacal é segregado, menos pepsina é activa e a capacidade digestiva é relativamente fraca, enquanto que a função digestiva do estômago se fortalece gradualmente à medida que a criança vai envelhecendo. O canal intestinal de bebés e crianças pequenas é relativamente longo, excedendo o seu próprio comprimento em até seis vezes, e é relativamente pouco propenso à intussuscepção e à torção intestinal. Embora a mucosa intestinal esteja bem desenvolvida e rica em vasos sanguíneos e vasos linfáticos, a base ainda está pouco desenvolvida, a parede intestinal é fina e a capacidade de resistir a doenças é imperfeita, pelo que agentes infecciosos, toxinas e alergénios na cavidade intestinal podem facilmente entrar na corrente sanguínea através do canal intestinal, levando a doenças infecciosas sistémicas e reacções alérgicas.