O tratamento com medicamentos tópicos, tais como colírios anti-infecciosos nas fases iniciais da doença, pode geralmente controlar a condição, mas se o doente desenvolver uma infeção sistémica, é necessário tratamento sistémico. Quando ocorre conjuntivite bacteriana aguda, conjuntivite bacteriana subaguda, conjuntivite catarral aguda e outras infecções bacterianas, há congestão conjuntival, dor, comichão e outros desconfortos, e alguns doentes podem também apresentar fotofobia, lacrimejo, etc. Nas fases iniciais da doença, os doentes podem utilizar medicamentos tópicos para controlar, a maioria pode inibir o desenvolvimento da doença. Na fase inicial, a maior parte dos medicamentos tópicos, como o colírio de tobramicina, o colírio de azitromicina, o colírio de ofloxacina e outros medicamentos anti-infecciosos, aliviam o desconforto do olho. No entanto, se o doente desenvolver febre e outros desconfortos, pode ser tratado com antibióticos como o cefaclor por via oral ou intravenosa para controlar a infeção. Os doentes com conjuntivite são aconselhados a procurar atempadamente assistência médica para avaliar o seu estado e seguir as instruções do médico para o tratamento.