A acupunctura pode ser utilizada para tratar a disfunção gastrointestinal com efeitos terapêuticos significativos, podendo ser alcançada uma boa recuperação até ao ponto de cura. A disfunção gastrointestinal, também conhecida como doença gastrointestinal funcional, manifesta-se principalmente como uma síndrome gastrointestinal crónica e recorrente. A acupunctura é usada para tratar a doença, geralmente escolhendo pontos de acupunctura como Shui Shui, Guan Yuan, Qi Hai, Ashigaru, Yin Lingquan, Sanyinjiao, Spleen Yu, Stomach Yu e assim por diante. A acupunctura pode regular a função do trato gastrointestinal, reduzindo assim os sintomas causados, pelo que o tratamento sistemático da acupunctura pode ter um efeito significativo na disfunção gastrointestinal e pode mesmo levar à recuperação. A investigação moderna mostra que a acupunctura pode promover a recuperação da disfunção gastrointestinal através da regulação da função autonómica, aliviar o espasmo gastrointestinal e ajustar a secreção de ácido gástrico e pepsina; a acupunctura pode também reforçar a função anti-lesão das células da mucosa gastrointestinal e promover a renovação metabólica das células da mucosa gastrointestinal, de modo a reparar parcialmente os danos. O tratamento por acupunctura da disfunção gastrointestinal deve basear-se no grau de doença específico do doente, no diagnóstico exaustivo e na seleção dos meridianos e pontos de acupunctura correspondentes para a acupunctura. A adesão a um curso sistemático de tratamento pode ser significativamente melhorada. Recomenda-se aos doentes que pretendam submeter-se a um tratamento de acupunctura para a disfunção gastrointestinal que visitem um hospital de medicina chinesa regular para receberem tratamento profissional.