A realização de uma colonoscopia não é geralmente prejudicial para o organismo, mas durante a operação podem ocorrer lesões da mucosa intestinal, hemorragias, inflamação e infeção, bem como perfuração intestinal, etc. A colonoscopia indolor pode também provocar alergia a medicamentos anestésicos, risco cardiovascular, lesões da função hepática e renal, etc.
Ao fazer a colonoscopia, é necessário cooperar ativamente com o médico para reduzir os danos causados pela colonoscopia. Se ocorrer uma doença intestinal, é necessário cooperar ativamente com o médico para o tratamento, de modo a não perder a doença.