As precauções para a colonoscopia em crianças são a ingestão de uma dieta líquida no dia anterior à colonoscopia, o jejum no dia, a toma de laxantes ou a realização de um clister. A colonoscopia mais utilizada é o colonoscópio eletrónico, e o mais importante antes da colonoscopia é a preparação intestinal, que tem como objetivo limpar o intestino e não afetar a visão do exame. Três dias antes da realização da colonoscopia, devem ser ingeridos alimentos de fácil digestão, de preferência uma dieta líquida no dia anterior. Se as crianças puderem colaborar, devem tomar um laxante à noite e as crianças mais pequenas devem fazer um clister de limpeza, administrado por uma enfermeira, antes do exame, até que as fezes pareçam amarelas ou líquidas, antes de se poder efetuar a colonoscopia. Se as crianças apresentarem frequentemente sintomas intestinais, recomenda-se que se dirijam atempadamente a um hospital regular para esclarecer a causa da doença e, em seguida, efectuem um tratamento específico sob a orientação do médico.