Clinicamente, são geralmente adoptados diferentes métodos de tratamento, dependendo do tamanho e da localização do adenoma serrilhado. No caso dos pequenos adenomas serrilhados gastrointestinais, se não ocorrerem sintomas como hemorragia, perfuração ou cancro, o adenoma pode ser completamente removido por desbridamento endoscópico da mucosa. Evita-se o maior trauma associado à cirurgia e a lesão pode ser removida ao mesmo tempo. Em segundo lugar, no caso de adenomas gastrointestinais de maiores dimensões, uma excisão endoscópica demasiado profunda pode provocar a perfuração do tracto gastrointestinal e, se a excisão for demasiado superficial, pode provocar uma base residual do adenoma. Nestes casos, é necessária uma cirurgia laparoscópica ou aberta para remover o adenoma e o canal intestinal e a parede do estômago circundantes. Se necessário, é efectuada uma dissecção regional dos gânglios linfáticos para conseguir a remoção completa do adenoma.