A ecografia pode ser realizada em qualquer altura em que o período menstrual tenha terminado, ou seja, quando não há hemorragia vaginal, mas o estado do útero ou dos ovários será diferente em alturas diferentes do período menstrual. Isto deve-se ao facto de o útero e os ovários poderem mudar ciclicamente à medida que o ciclo menstrual muda. Após a menstruação, o endométrio torna-se gradualmente mais espesso e, após a ovulação, o endométrio pode sofrer alterações morfológicas devido aos efeitos da progesterona. Por conseguinte, o endométrio é visto de forma diferente em alturas diferentes após um período limpo, incluindo os ovários. Os ovários podem aumentar gradualmente de tamanho após o período menstrual, com o folículo dominante a ficar cada vez maior, tornando-se um folículo maduro que ovula por volta dos 14-15 dias. Após a ovulação, o corpo lúteo forma-se e transforma-se gradualmente num corpo branco. Por conseguinte, no decurso do ciclo menstrual, um exame de ultra-sons revelará alterações endometriais e alterações ováricas, que mudam com o ciclo menstrual e podem ser realizadas em cada período. Em princípio, não se realiza uma ecografia vaginal durante a menstruação, uma vez que a ecografia vaginal pode causar a possibilidade de infecção quando há hemorragia vaginal durante a menstruação. No entanto, para avaliar a função ovárica, para ver se existem muitos folículos policísticos nos ovários, bem como para ver se a gravidez é normal, se os folículos vão crescer normalmente e se os ovários estão a funcionar bem, a ecografia vaginal é normalmente realizada no segundo ou terceiro dia da menstruação, ou conforme a necessidade médica. Se não for clinicamente necessário, uma ecografia vaginal é normalmente efectuada após um bom período menstrual.