O custo da polipectomia colonoscópica está relacionado com o protocolo do procedimento, a medicação utilizada no procedimento e a incidência de efeitos adversos pós-operatórios, e varia um pouco consoante a região geográfica, custando normalmente cerca de 700 dólares. Em geral, quanto maior o número de pólipos, maior o custo. Atualmente, os instrumentos utilizados para a cirurgia incluem eletrocoagulação de alta frequência, bisturi de árgon, radiofrequência, micro-ondas, etc. De um modo geral, os hospitais primários cobram taxas relativamente baixas e os hospitais terciários cobram taxas relativamente elevadas. Além disso, se for necessário permanecer no hospital para observação após a cirurgia aos pólipos, o custo será mais elevado. Por conseguinte, o preço da polipectomia colonoscópica é diferente, pelo que se recomenda que o custo específico seja consultado no hospital regular local.