A encefalopatia lúpica aguda pode ser tratada com prednisona e imunossupressores, mas os imunossupressores são menos eficazes do que as hormonas e têm mais efeitos secundários, pelo que não são preferidos do ponto de vista clínico. Os imunossupressores são utilizados habitualmente, como a ciclofosfamida, que também é utilizada clinicamente em combinação com a terapia de choque, hormonas com preparações imunitárias e terapia de injecção intratecal, em que o metotrexato e outros imunossupressores são utilizados para passar eficazmente a barreira hemato-encefálica. Os doentes com encefalopatia lúpica recebem tratamento sintomático, incluindo fármacos anti-epilépticos se tiverem convulsões e medicamentos para o AVC se tiverem manifestações de AVC.