Durante a colonoscopia, se forem encontrados pólipos, a primeira coisa a fazer é distinguir a natureza dos pólipos. Os pólipos de cólon são geralmente divididos em duas categorias: pólipos adenomatosos e pólipos hiperplásticos. Os pólipos adenomatosos têm tendência a tornar-se cancerosos, enquanto que os pólipos hiperplásicos geralmente não têm potencial para se tornarem cancerosos e devem ser julgados no momento do tratamento. Se o pólipo for pequeno, pode ser removido microscopicamente com pinça de biopsia e enviado para exame patológico; se o pólipo for >5mm, pode ser cauterizado com electrocoagulação ou faca de árgon, conforme o caso, e alguns pólipos também podem ser removidos com armadilhas de radiofrequência; se for um pólipo de desenvolvimento lateral, deve ser tratado com dissecção da mucosa, e se o pólipo for grande e difícil de manusear microscopicamente, deve ser encaminhado para cirurgia para tratamento cirúrgico.