A pulpotomia minimamente invasiva é normalmente efectuada com um conhecimento muito claro da dentição do paciente. As radiografias pré-operatórias são normalmente efectuadas para compreender a causa da doença e, em seguida, é feito o desenho da cavidade para a pulpotomia minimamente invasiva. Normalmente, é melhor entrar no dente a partir do local da lesão e, ao mesmo tempo, obter a forma da cavidade necessária para a pulpotomia posterior, o que facilitará um tratamento de canal suave e eficaz. A pulpotomia minimamente invasiva é por vezes efectuada com uma guia digital, para além de radiografias e outros exames, para guiar o cirurgião até à cavidade pulpar, tornando-a menos invasiva. A abertura da polpa sob a guia é semelhante à cirurgia guiada diária e à implantação guiada, que também é projectada digitalmente e ao mesmo tempo antes do tratamento minimamente invasivo. Ao mesmo tempo, todo o canal radicular deve ser avaliado e os instrumentos para a pulpotomia minimamente invasiva devem ser preparados, incluindo instrumentos microscópicos, ultra-sónicos e líquidos, que devem ser concebidos e preparados antes da pulpotomia minimamente invasiva.