As perturbações da ATM são alterações funcionais das articulações temporomandibulares e não são normalmente tratadas com manipulação, mas podem ser tratadas com tratamentos não farmacológicos e farmacológicos. As perturbações da ATM manifestam-se principalmente por dor na zona articular, estalidos das articulações durante os movimentos de mordida e discinesia das articulações da mandíbula. Os tratamentos não farmacológicos incluem intervenções psicológicas para aliviar a tensão mental e alterar os maus hábitos de morder, como abrir muito a boca e mastigar os alimentos unilateralmente. Também podem ser utilizados métodos de fisioterapia, como massagens, compressas quentes e acupunctura. Os medicamentos incluem anti-inflamatórios e analgésicos não esteróides orais para aliviar a dor, como a nimesulida e o meloxicam. O sulfato de glucosamina oral protege a cartilagem articular, elimina a inflamação e alivia a dor. Podem também ser tomados medicamentos hormonais orais, como a metilprednisolona e a dexametasona, se a doença for de longa duração e os sintomas forem graves. Se ocorrerem sintomas de perturbações da articulação temporomandibular, recomenda-se que o doente vá ao hospital, melhore o exame para esclarecer a causa da doença e receba tratamento regular. A utilização de medicamentos deve ser efectuada de acordo com as instruções do médico.