Algumas encefalites podem ser tratadas, como as encefalites virais ligeiras, mas cada caso deve ser analisado individualmente. O prognóstico da encefalite está relacionado com a causa da doença, a sua gravidade e a suscetibilidade ao tratamento. As encefalites classificam-se principalmente em encefalites virais, encefalites bacterianas, encefalites fúngicas, encefalites parasitárias, bem como encefalites auto-imunes e doenças priónicas. Cada tipo de encefalite pode ser dividido em muitas categorias diferentes de acordo com o agente infecioso, como a encefalite por herpes simplex, a encefalite por citomegalovírus, a encefalite séptica, a encefalite por tuberculose, a encefalite criptocócica, etc. A gravidade da encefalite e a sua recuperação após o tratamento estão relacionadas com a fonte primária de infeção, a condição médica subjacente do doente e a adequação do tratamento. Por exemplo, a encefalite por vírus herpes simplex pode ser curada na maioria dos doentes se o tratamento antiviral for administrado poucos dias após o início da doença, ou se a doença for ligeira. Independentemente do tipo de encefalite, recomenda-se que os doentes consultem um médico atempadamente e recebam um tratamento normalizado sob a orientação de um médico profissional para evitar atrasos.