Os três auto-anticorpos da tiróide incluem anticorpos anti-tiróide peroxidase, anticorpos anti-tiroglobulina e anticorpos receptores estimulantes da tiróide. Estes três anticorpos são utilizados clinicamente para avaliar doenças da tiróide. Os anticorpos receptores da tirotropina são os anticorpos causadores da doença de Graves e são clinicamente importantes no diagnóstico, tratamento e prognóstico da doença de Graves, especialmente quando se monitoriza o hipertiroidismo durante a retirada do tratamento. Os anticorpos anti-tiróide peroxidase e anti-tiroglobulina são indicadores importantes para o diagnóstico da tiroidite auto-imune, também conhecida como tiroidite de Hashimoto. Níveis significativamente elevados de ambos indicam a possibilidade de tireoidite de Hashimoto.