Após a ablação por radiofrequência da taquicardia supraventricular podem ocorrer complicações, não sequelas. As sequelas clínicas após a ablação por radiofrequência da taquicardia supraventricular devem-se à possibilidade de lesão acidental do feixe de Hirschsprung, que também é uma via de condução, causando bloqueio atrioventricular de segundo e terceiro graus e, muito ocasionalmente, perfuração cardíaca ou tamponamento cardíaco. Isto deve-se ao facto de a ablação por radiofrequência ser uma intervenção vascular que gera lentamente energia eléctrica através de um eléctrodo específico que entra no cateter, converte-a em calor e depois abla a derivação da taquicardia supraventricular, corrigindo a via de condução normal para corrigir a arritmia, mas a incidência desta complicação é muito baixa.