As injecções de estimulação da ovulação utilizadas nos protocolos antagonistas demoram normalmente cerca de 10 dias. Por protocolo antagonista, as pessoas referem-se geralmente à utilização de antagonistas da GnRH, que são mais seguros e frequentemente utilizados em doentes com uma função ovárica deficiente que não ovulam. Geralmente, as doentes começam a utilizar os antagonistas da GnRH para promover a ovulação no terceiro dia da menstruação, após um exame físico pormenorizado, e utilizam-nos até o folículo atingir cerca de 20 mm de diâmetro. O número exato de dias de utilização do medicamento depende do desenvolvimento do folículo, sendo que a maioria das doentes necessita de utilizar o medicamento durante cerca de 10 dias para obter o efeito desejado. Durante o período de tratamento, o crescimento e o desenvolvimento dos folículos, bem como as alterações hormonais no corpo, devem ser observados regularmente, para que o programa de medicação possa ser ajustado atempadamente.