O iogurte caseiro pode estar sobrecarregado com bactérias, o que pode causar sintomas gastrointestinais após o consumo. O iogurte pode ser fabricado a temperaturas inadequadas ou armazenado em ambientes não adequados, o que pode provocar a multiplicação de bactérias, levando a reacções gastrointestinais como náuseas, vómitos, dores abdominais e diarreia após o consumo. No processo de fabrico do iogurte, é necessário utilizar leite puro, fresco e de alta qualidade, e o recipiente do leite deve ser limpo com uma escova e esterilizado, o que pode reduzir o crescimento de bactérias e a ocorrência de reacções adversas. Não guarde o iogurte durante muito tempo após a produção para evitar a sua deterioração. O iogurte é altamente nutritivo e contém um grande número de lactobacilos, o que ajuda o peristaltismo intestinal. O iogurte contém uma quantidade relativamente elevada de cálcio, adequado para ser consumido por todo o tipo de pessoas. Recomenda-se a ingestão de iogurte produzido por fabricantes habituais através de um processo normalizado, e tentar não fazer iogurte caseiro para evitar consequências adversas. As pessoas alérgicas ao leite não devem consumir iogurte.