As fístulas anais são difíceis de curar sozinhas, as imersões em soro fisiológico são ineficazes e a grande maioria das fístulas requer tratamento cirúrgico. Se não forem tratadas, as fístulas anais podem recidivar e eventualmente evoluir para abcessos periféricos do reto e do canal anal. A grande maioria das fístulas anais requer tratamento cirúrgico, que se baseia no princípio da incisão ou remoção da fístula na sua totalidade, criando assim uma ferida aberta e promovendo a cicatrização. As opções cirúrgicas incluem a fistulotomia, a terapia com fios suspensos e a fistulotomia anal. Para fístulas anais baixas, pode recorrer-se à fistulotomia; a terapia do fio de suspensão tem indicações mais amplas, aplicando-se a fístulas anais simples baixas e altas com aberturas internas e externas a 3-5 cm da borda anal, podendo também ser utilizada como tratamento adjuvante da fistulotomia anal complexa; para fístulas anais simples baixas, pode recorrer-se à fistulotomia anal. Uma vez diagnosticada a fístula anal, recomenda-se o tratamento cirúrgico o mais cedo possível, quanto mais precoce for o tratamento, mais benéfico para o organismo, para evitar que infecções repetidas agravem a condição.