A maioria das recuperações da encefalite viral não afecta o QI.
O prognóstico depende da gravidade da doença e da oportunidade do tratamento. O prognóstico é mau se a doença não for tratada com terapia antiviral, se o tratamento for inoportuno ou inadequado, e se a doença for grave.
Contudo, a maioria dos pacientes que são tratados com medicação antiviral adequada dentro de poucos dias após o início ou que têm uma forma mais suave da doença podem ser curados. No entanto, cerca de 10% dos doentes podem ter vários graus de incapacidade cognitiva, epilepsia, paralisia e outras sequelas.