Quando surgem efeitos secundários da Anfotericina B, estes têm de ser tratados de formas diferentes, dependendo da gravidade dos efeitos secundários. Uma vez que é difícil eliminar os efeitos secundários após o seu aparecimento, é necessário ter cuidado com a medicação antes de escolher o tratamento. Os efeitos secundários da anfotericina B incluem principalmente febre, arrepios, dores de cabeça, náuseas, vómitos e descida da tensão arterial durante a titulação, etc., seguidos de insuficiência renal, hipocaliemia, hepatotoxicidade e hematotoxicidade. Quando ocorrem efeitos secundários graves durante o tratamento com anfotericina B, o medicamento deve ser interrompido e deve ser administrado tratamento sintomático. Quando os efeitos secundários são ligeiros, pode ser efectuado um tratamento sintomático. As pessoas com insuficiência hepática ou renal devem ser cautelosas. Durante o período de medicação, deve ser efectuada uma monitorização regular da função hepática, da função renal, do potássio, do ECG e uma análise de rotina à urina. Para garantir a segurança do medicamento, é importante seguir rigorosamente as instruções do médico.