A maioria das doenças do estômago está directamente relacionada com a secreção excessiva de ácido, pelo que o omeprazol pode ser utilizado para a gastrite, a erosão gástrica, a úlcera péptica e a esofagite de refluxo. Também pode ser utilizado em combinação com os outros três medicamentos para erradicar a infecção por H. pylori, se presente. Quando utilizado para gastrite e erosão, é necessário tratar com medicamentos como o omeprazol e novo líquido de reabilitação durante um período de cerca de 2 semanas. Se o teste for claro para úlcera péptica, é necessário um curso de omeprazol durante 4 semanas ou mais. A esofagite de refluxo é tratada com citrato de mosaprida e omeprazol durante um período de 4 a 8 semanas. O omeprazol deve ser tomado com o estômago vazio antes do pequeno-almoço, com uma dose adicional ao deitar se os sintomas forem graves.