Os comprimidos de metronidazol bucal não devem ser engolidos e são utilizados principalmente por via tópica. Em caso de periodontite, pericoronite ou gengivite, pode ser colocado entre a gengiva e o sulco gengival e contido. No caso de úlceras da boca, pode ser aderida directamente à área afectada da membrana mucosa. Os comprimidos de Metronidazol Bucal são melhor utilizados após as refeições, sem água ou alimentos, e evitam o álcool ou bebidas alcoólicas enquanto se toma o medicamento. Não é recomendado para pessoas grávidas ou a amamentar, ou crianças mais novas, uma vez que tem mais efeitos secundários. O uso a longo prazo também não é recomendado, pois pode causar disbiose da flora oral e causar outras infecções, tais como infecções fúngicas a longo prazo.