A doença auto-imune da tiróide é principalmente a tiroidite linfocítica crónica para a qual não existe tratamento específico. Os doentes com uma glândula tiróide relativamente pequena e sem sinais óbvios de pressão podem ser acompanhados de perto e observados. Para doentes com uma glândula tiróide significativamente aumentada com sintomas de pressão, os comprimidos de levothyroxina podem ser utilizados para tratar o bócio, que pode depois encolher lentamente. Em doentes com hipotiroidismo, é necessária uma terapia de substituição com hormona tiroidiana. Após um ano de tratamento com levothyroxina, em cerca de 1/3 dos doentes, é de esperar que a função tiroideia regresse ao normal.