A colonoscopia pequena não é utilizada apenas para examinar o intestino delgado, mas também para detetar lesões da mucosa do estômago e do esófago ao entrar pela boca e para observar lesões no cólon ao entrar pelo ânus. O enteroscópio pequeno é utilizado principalmente para examinar lesões do intestino delgado e pode observar o duodeno que desce até à metade superior do jejuno, bem como a situação no íleo. Outras partes do intestino delgado podem também ser examinadas durante o acesso; se o acesso ao colonoscópio pequeno for feito através da boca, podem também ser detectadas lesões da mucosa do estômago e do esófago; quando o acesso é feito através do ânus, podem ser observadas lesões no cólon. A colonoscopia pequena ajuda a diagnosticar doenças relacionadas com o intestino delgado e a hemorragia gastrointestinal crónica, podendo também ser utilizada para a remoção de pólipos e o tratamento da hemostase, e pode ainda retirar tecidos das lesões para exames patológicos relevantes. Dado que o estado de saúde de cada doente é diferente, o método de exame também varia e a decisão de efetuar ou não uma colonoscopia pequena deve ser tomada por um profissional de saúde.