Os pacientes com defeitos do septo atrial são parcialmente tratados cirurgicamente, geralmente com oclusão interventiva ou cirurgia de coração aberto. Se o defeito do septo atrial for acompanhado por uma derivação do átrio esquerdo para o átrio direito, não há hipertensão pulmonar, e o defeito do septo é relativamente pequeno, o tratamento intervencionista pode ser preferido. Se a área do defeito do septo atrial for maior que 3 cm, a cirurgia de coração aberto é mais eficaz. Se o defeito do septo atrial for formado por alguns factores adquiridos e a localização for mais adequada, pode ser realizada uma intervenção de transcatheter, que terá menos riscos e menos complicações traumáticas. Se o defeito do septo atrial estiver localizado mais próximo da válvula, não é adequado para vedação intervencionista, e a cirurgia de reparação de coração aberto é uma opção. Independentemente da opção de tratamento escolhida, o cirurgião considerará a perspectiva do paciente, tentará reduzir a dor do paciente e fazer a melhor recuperação.