A gastroscopia em hospitais normais geralmente não ocorre infeção cruzada, mas não absolutamente, operação inadequada ou uma certa chance de infeção. Nos hospitais normais, a gastroscopia é efectuada numa sala de gastroscopia relativamente estéril. Durante a gastroscopia, o médico cumpre rigorosamente as regras e os regulamentos aplicáveis, usa rigorosamente uma touca, uma máscara, veste uma boa roupa cirúrgica e todo o processo de utilização dos instrumentos é esterilizado. Quando o doente tiver terminado a gastroscopia, todos os objectos serão novamente esterilizados. No processo de gastroscopia, os instrumentos são esterilizados, pelo que não há infeção cruzada durante a gastroscopia. No entanto, se o gastroscópio e outros instrumentos não forem rigorosamente esterilizados, continua a haver a possibilidade de infeção cruzada. A fim de minimizar a possibilidade de infeção cruzada, os doentes são aconselhados a dirigir-se a hospitais regulares para serem examinados.