É possível efetuar uma colonoscopia em caso de fissura anal, o que normalmente não causa demasiados danos, mas tem de ser feito sob a orientação de um médico profissional. A fissura anal deve-se geralmente a uma dieta inadequada, a traumatismos mecânicos e a muitos outros factores que levam à fissura da pele à volta do ânus, devido ao facto de a lente da colonoscopia ser mais espessa, uma operação inadequada pode agravar a condição original, pelo que é necessário operar sob a orientação de um médico profissional. Quando um doente tem uma fissura anal, deve dirigir-se ao hospital a tempo de ser examinado e utilizar pomada de eritromicina, creme para hemorróidas e outros medicamentos sob a orientação do médico para tratamento, e para os doentes com resultados insatisfatórios da medicação, pode fazer a ressecção da fissura anal e outros métodos cirúrgicos para tratamento. Os doentes com fissura anal devem prestar atenção a uma dieta ligeira na vida quotidiana, evitar comer alimentos demasiado picantes e estimulantes. Manter a área perianal limpa e higiénica, assegurar uma defecação suave, prevenir a obstipação e a diarreia. Recomenda-se que os doentes com fissuras anais se dirijam primeiro a um hospital normal para serem examinados e esclarecerem a sua situação e ouvirem a opinião do médico antes de fazerem uma colonoscopia. Não tome uma decisão cega por si próprio, para não danificar o ânus e agravar a fissura anal.