A encefalopatia lúpica é causada pelo LES combinado com lesões no sistema nervoso central e no sistema nervoso periférico, não podendo ser excluídos factores secundários como medicamentos e infecções. Pode ser tratada com medicação e terapia de injeção intramedular, e os medicamentos comuns incluem comprimidos de metilprednisolona e metotrexato. Os glucocorticosteróides contêm poderosos efeitos anti-inflamatórios, anti-imunes e antitoxinas, e o tratamento da encefalopatia lúpica pode ser conseguido através da inibição da fagocitose e do processamento de antigénios pelos macrófagos através dos glucocorticosteróides, alterando o número e a distribuição dos linfócitos, diminuindo o número de linfócitos que participam no processo imunitário e inibindo a resposta dos anticorpos em animais sensíveis. Os glucocorticosteróides comuns incluem comprimidos de metilprednisolona e comprimidos de dexametasona. A terapia por injeção intramedular é atualmente o tratamento mais eficaz e seguro para o lúpus cerebral, e as injecções comuns incluem o metotrexato. Os doentes que sofrem de encefalopatia lúpica são aconselhados a tomar a medicação sob a orientação e aconselhamento de um médico para evitar a auto-medicação e os efeitos adversos.