A fosfatase alcalina é um dos testes da função hepática e tem geralmente pouco significado clínico se for elevada. No entanto, a fosfatase alcalina é um indicador precoce de doença do sistema hepático e de doença do sistema esquelético. Se o doente tiver doença hepática, a fosfatase alcalina e o GGT estão elevados. Em combinação com um aumento da bilirrubina directa e da bilirrubina total, especialmente se a bilirrubina total for superior a 34,2 μmol/L, a icterícia obstrutiva é mais frequentemente considerada como sendo devida a factores obstrutivos. É necessário um ultra-som adicional do abdómen superior e, se necessário, um hidrográfico de MRCP do tracto biliar. Isto irá normalmente revelar a causa da obstrução na via biliar, quer se trate de uma pedra ou de um tumor causador de compressão. Se se tratar de uma pedra, o paciente terá também de se submeter a uma CPRE para remover a pedra. Se o doente tiver uma fosfatase alcalina elevada em três ou mais revisões consecutivas, o doente terá de ser activamente examinado para detectar tumores do sistema esquelético para excluir doença hepática.