Recomenda-se diluir a enzima com água fervida morna a cerca de 48 graus Celsius e bebê-la para manter a atividade da enzima.
As enzimas são proteínas e contêm ingredientes biologicamente activos, têm medo do calor e da luz, por isso recomenda-se que sejam guardadas num local fresco.
Recomenda-se o consumo de enzimas de manhã e à noite, normalmente com o estômago vazio de manhã ou meia hora antes de ir para a cama à noite. O consumo de enzimas de manhã pode ajudar o metabolismo de forma adequada, e o consumo de enzimas à noite pode ser benéfico para a absorção de nutrientes pelo organismo. As pessoas com uma função intestinal anormal podem consumir quantidades moderadas de enzimas para ajudar a promover a digestão e a absorção e evitar a absorção do excesso de gordura.
Os doentes com dor gástrica não são aconselhados a consumir com o estômago vazio, recomenda-se a suplementação entre as refeições e as refeições. As pessoas nervosas e com tendência para insónias podem consumir enzimas duas horas antes de se deitarem. As enzimas não são recomendadas para mulheres grávidas, lactantes e menores de idade.