A colonoscopia dura geralmente 15 a 30 minutos. O tempo de duração varia consoante o tipo de colonoscopia escolhido. Aconselha-se a realização da colonoscopia num hospital normal.
A colonoscopia normal pode ser efectuada em 15 minutos. A colonoscopia sob anestesia geral requer uma anestesia prévia e, depois de terminada a anestesia, a colonoscopia demora cerca de 30 minutos. Recomenda-se que as pessoas escolham o exame mais adequado às suas necessidades, sob a orientação do médico.
Após o fim da colonoscopia, é necessário seguir as indicações do médico para fazer jejum de água. Depois de retomar a dieta, evitar alimentos frios, estimulantes e demasiado duros e privilegiar uma dieta ligeira e de fácil digestão. Se, após a colonoscopia, ocorrerem distensão abdominal, dores abdominais e outras afecções, deve informar o médico atempadamente para que este proceda ao tratamento.