As medições da temperatura rectal e axilar são ambas precisas para os recém-nascidos, mas as medições da temperatura axilar são mais comuns. Ao efetuar a medição da temperatura, a medição da temperatura rectal é a mais precisa, porque a temperatura rectal está próxima da temperatura da parte profunda do corpo humano, em circunstâncias normais, a temperatura rectal deve ser de 36,5 graus a 37,5 graus. No entanto, devido à medição da temperatura rectal, os requisitos de funcionamento são mais elevados, não se recomenda que os pais, em casa, meçam sozinhos a temperatura anal do recém-nascido, para não causar danos desnecessários. A medição da temperatura axilar é relativamente comum e precisa, sendo necessário ter em atenção que o recém-nascido deve permanecer quieto para não chorar e afetar a temperatura medida. A temperatura axilar normal situa-se entre os 36 e os 37 graus. Se forem excluídas as influências externas e a temperatura ultrapassar os 37,3 graus em várias medições, considera-se que há febre e é necessária atenção médica imediata.