O tratamento começa principalmente a partir de 3 aspectos: 1º, parar todos os medicamentos antipsicóticos; 2º, dar tratamento sintomático de apoio, como: oxigénio, reidratação, correção de distúrbios hídricos e electrolíticos, arrefecimento (porque a febre alta da síndrome maligna é hipertermia central, o tratamento medicamentoso é muitas vezes ineficaz, e é melhor usar a almofada de gelo, saco de gelo e outros métodos de arrefecimento físico), anti-espasmódico e prevenção de infecções; 3º, usar o medicamento que promove a função da dopamina central – bromocriptina, e o tratamento da síndrome maligna é preferencialmente escolhido para ser tratado no Departamento de Medicina Intensiva.