Os quistos do ovário diagnosticados como quistos de chocolate podem ser tratados com medicamentos e cirurgia.
1. tratamento medicamentoso: pode utilizar medicamentos para a gravidez, como o acetato de medroxiprogesterona, a medroxiprogesterona, o etinilestradiol, etc., que podem causar amenorreia artificial semelhante à gravidez através do uso prolongado, inibir a função ovárica e parar o desenvolvimento da doença. Os agonistas da hormona libertadora de gonadotropina, como a leuprolida e a goserelina, também podem ser aplicados para inibir o desenvolvimento folicular, resultando em amenorreia temporária e alívio da dor.
A dor abdominal ligeira ou a dismenorreia causada por lesões podem também ser tratadas com anti-inflamatórios não esteróides, como o ibuprofeno e o acetaminofeno.
2) Cirurgia: As doentes com necessidades de fertilidade podem ser submetidas à remoção ou destruição cirúrgica de todas as lesões endometriais ectópicas visíveis, com preservação de algum tecido ovárico. As doentes com menos de 45 anos de idade com sintomas óbvios e sem necessidades de fertilidade podem ser submetidas à remoção das lesões pélvicas e do útero e à preservação de pelo menos um ou alguns dos ovários.
Em doentes com mais de 45 anos de idade com sintomas graves, o útero e ambos os anexos (trompas de Falópio e ovários) podem ser removidos para fins terapêuticos.
As doentes com quistos do ovário diagnosticados com quistos de chocolate devem escolher o plano de tratamento adequado sob a orientação de um profissional médico para evitar a progressão da doença. A utilização dos medicamentos acima referidos deve ser efectuada de acordo com o aconselhamento médico.