O omeprazol não deve ser tomado por via oral com amoxicilina. O omeprazol é um inibidor da bomba de prótons, um supressor de ácido, e recomenda-se que seja tomado por via oral meia hora antes de uma refeição. A amoxicilina é um antibiótico de penicilina e é melhor ser tomado por via oral meia hora após uma refeição, pelo que os dois não devem ser misturados. Recomenda-se que o omeprazol ou outros inibidores da bomba de prótons, incluindo protectores da mucosa gástrica e bismuto, sejam tomados por via oral meia hora antes de uma refeição para melhorar a eficácia do medicamento. Recomenda-se que a amoxicilina ou outros antibióticos sejam tomados por via oral após as refeições, para evitar reacções gastrointestinais adversas. A amoxicilina é utilizada juntamente com omeprazol e é indicada para a erradicação do tratamento com H. pylori. Um antibiótico adicional, tal como claritromicina ou ofloxacina, também pode ser necessário, em consulta com um especialista. Em suma, os supressores ácidos e os antibióticos não devem ser tomados em conjunto.