As manifestações clínicas das malformações do canal AV variam de acordo com o tipo de lesão, o tamanho do shunt esquerda-direita, a gravidade da regurgitação AV e a elevada resistência vascular pulmonar. À medida que envelhecem, podem desenvolver palpitações por esforço, falta de ar, tolerância reduzida ao exercício, infecções respiratórias e insuficiência cardíaca direita. O curso natural da doença é semelhante ao do defeito do septo atrioventricular maior do segundo orifício. Quase 10-15% dos casos presentes em meados dos anos 20 a meados dos 40 com doença vascular pulmonar obstrutiva documentada devido a hipertensão pulmonar. As malformações completas do canal atrioventricular são menos comuns e o curso natural da doença não está bem documentado. Estima-se que aproximadamente 80% dos casos tratados para toda a vida sem cirurgia de depressão morrem aos 2 anos de idade devido a doença vascular pulmonar obstrutiva e insuficiência cardíaca congestiva. Portanto, o tratamento precoce com cirurgia de depressão deve ser procurado em todos os casos de malformações do canal AV. No entanto, se a resistência da circulação pulmonar exceder 70% da resistência da circulação corporal, a doença hepática está contra-indicada. Em algumas formas de malformação atrioventricular, a insuficiência mitral é moderada ou maior, resultando num elevado fluxo de shunt esquerda-direita e num aumento da pressão da artéria pulmonar. Pelo menos 20% dos casos apresentam sintomas de massa significativos de refluxo ácido na fase de empurrão infantil e morrem antes dos 10 anos de idade.