A uretrite não gonocócica nos homens causa normalmente sinais de irritação urinária, podendo também apresentar sintomas como vermelhidão e inchaço da abertura uretral, aumento da secreção, etc. Alguns doentes podem apresentar sintomas sistémicos e a fertilidade pode ser afetada em casos graves. Devido à presença de infeção na uretra, pode causar sintomas óbvios de irritação urinária, como micção dolorosa, micção frequente, urgência urinária, etc. Devido à estimulação de substâncias inflamatórias, pode causar vermelhidão e inchaço da área do orifício uretral, e a descarga do orifício uretral de secreção purulenta branca ou amarela. Após o agravamento da infeção, pode provocar hemorragia local na uretra, causando hematúria, e alguns sintomas sistémicos, como febre, arrepios, etc. A presença prolongada de uretrite não gonocócica pode levar à infertilidade masculina. Por conseguinte, após o aparecimento de sintomas de uretrite não gonocócica, recomenda-se a realização de um exame médico e o tratamento o mais rapidamente possível para evitar efeitos adversos.