A pielonefrite aguda, bem como os episódios agudos de pielonefrite crónica, requerem tratamento com antibióticos. As exacerbações não agudas da pielonefrite crónica requerem um tratamento nefrológico integrado. Existem dois tipos de pielonefrite: a pielonefrite aguda e a pielonefrite crónica. A pielonefrite aguda e a pielonefrite crónica são causadas principalmente por uma infeção bacteriana. Nesta altura, são necessários antibióticos para o tratamento, sendo os mais utilizados a amoxicilina, a cefixima, a levofloxacina, etc. Se os sintomas de irritação da bexiga do doente forem mais óbvios, pode também adicionar três comprimidos de ouro e outros medicamentos para melhorar os sintomas. O tratamento da pielonefrite crónica no período de exacerbação não aguda é principalmente o tratamento integrado da doença renal crónica, ou seja, a redução da pressão arterial, a proteção dos rins e o tratamento de várias complicações, como a aplicação de eritropoietina para tratar a anemia renal e os comprimidos de libertação controlada de nifedipina e outros tratamentos para a hipertensão renal. O tratamento da pielonefrite deve ser efectuado sob a orientação de médicos de hospitais regulares, não se deve tomar medicamentos por conta própria, para além de não se poder confiar em receitas parciais e secretas.