Os resultados imunohistoquímicos do cordoma necessitam de antigénios tecidulares expressos pela amostra para determinar, geralmente Cyto-K6/7 EMA7/7, CEA6/7, GFAP0/7 positivos sugerem uma elevada probabilidade de cordoma, e a positividade de p53 e PCNA sugere frequentemente um risco mais elevado de recorrência de cordoma. O cordoma tem origem no tecido residual embrionário do cordão, os índices imunohistoquímicos comuns incluem Cyto-K6/7 EMA7/7, CEA6/7, GFAP0/7, Des0/7, α-AT7/7, Lyso4/7, CK, S100, etc., e a positividade destes índices sugere que o cordoma tem uma elevada possibilidade. Além disso, alguns indicadores especiais, como o tamanho do Ki-67, estão relacionados com a capacidade proliferativa do tumor, a expressão de p53 e PCNA está relacionada com a recorrência do cordoma, e Cath-D e MMP-13 estão relacionadas com o crescimento invasivo do cordoma. A imunohistoquímica do cordoma varia em diferentes hospitais, e recomenda-se que os pacientes vão a hospitais regulares e sejam determinados de acordo com os resultados específicos da imunohistoquímica.