A ecografia com Doppler transcraniano e a ressonância magnética do cérebro são dois exames completamente diferentes e, normalmente, não são comparados entre si. A primeira é utilizada principalmente para esclarecer o fluxo sanguíneo no cérebro, por exemplo, se existe um abrandamento do fluxo dos vasos sanguíneos ou um estreitamento dos vasos sanguíneos, o que resulta numa irrigação sanguínea inadequada do cérebro, e também pode ser utilizada para esclarecer a causa da doença cerebrovascular, se existem malformações vasculares ou aneurismas e se há formação de microêmbolos. No entanto, a RM é geralmente utilizada para identificar doenças cerebrais orgânicas, principalmente para verificar se existem lesões no parênquima cerebral, e pode detectar enfarte cerebral agudo, hemorragia cerebral, tumores cerebrais, encefalite e outras doenças. Além disso, se forem efectuadas mais RM funcional e angiografia, estas podem ajudar a esclarecer a presença de perturbações metabólicas no cérebro e a presença de lesões nos vasos sanguíneos cerebrais. Geralmente, a RM do cérebro com imagiologia do sistema arterial e imagiologia do sistema venoso é mais precisa do que a ecografia transcraniana com Doppler a cores na observação dos vasos sanguíneos, mas não ajuda a determinar a presença de chuva microembólica nem a prever a incidência de enfarte cerebral.