A ecografia policística pode ser efectuada por via vaginal ou abdominal, o local de exame é o ovário, mas a via de exame é diferente e as condições são diferentes. A ecografia abdominal é realizada através do abdómen, enquanto a ecografia vaginal é realizada através da vagina. A ecografia abdominal exige geralmente que o doente retenha a urina para encher a bexiga, a fim de ver melhor os ovários, como o enchimento deficiente da bexiga ou a gordura abdominal, podendo afetar os resultados do exame; enquanto a ecografia vaginal não necessita de reter a urina e não é afetada pela gordura abdominal, mas existe uma inflamação aguda da vagina, hemorragia vaginal ou mulheres sem história de relações sexuais geralmente não podem ser ecografias vaginais. As pacientes que necessitam de ultrassom para condições policísticas são aconselhadas a procurar atendimento médico regular e decidir qual ultrassom deve ser realizado de acordo com suas próprias condições após avaliação pelo médico.