Um baixo nível de pepsinogénio 1 é causado por indigestão, gastrite atrófica e cancro gástrico. Um baixo nível de pepsinogénio 1 indica uma diminuição da secreção das glândulas gástricas do organismo e, consequentemente, a digestão dos alimentos pode ser afectada. Em primeiro lugar, quando o corpo sofre de indigestão, há uma baixa secreção de sucos digestivos e uma diminuição da motilidade gástrica, que pode ser detectada durante um exame. Em segundo lugar, a gastrite atrófica é uma doença em que as glândulas do estômago se atrofiam progressivamente, afectando assim a secreção dos sucos digestivos, o que também se pode manifestar por um baixo nível de pepsinogénio 1. Por último, o cancro gástrico é um tumor maligno que afecta o ambiente do estômago, provocando sintomas como dores de estômago e inchaço, bem como uma diminuição da secreção de sucos digestivos, uma redução da função digestiva e um baixo nível de pepsinogénio 1.