Metronidazol e Amoxicilina podem ser tomados em conjunto. Metronidazol é um medicamento sintético anti-anaeróbio que não tem efeito sobre bactérias aeróbicas e é também antiparasitário contra parasitas tais como Trichuris, Amoeba e Giardia. Amoxicilina é um antibiótico semi-sintético de penicilina que apenas mata bactérias aeróbicas, mas não tem efeito sobre bactérias anaeróbicas nem efeito antiparasitário. O metronidazol é anti-anaeróbico e antiparasitário, enquanto a amoxicilina é antiaeróbica. Se os dois forem utilizados em conjunto por razões terapêuticas, não há contra-indicações entre eles e não interferem um com o outro e reduzem a sua respectiva eficácia quando utilizados em conjunto. Metronidazol e amoxicilina são ambos eficazes contra uma bactéria específica, H. pylori, e a combinação dos dois tomados em conjunto com uma refeição, mais um inibidor da bomba de protões e bismuto meia hora antes de uma refeição, pode erradicar o H. pylori.