Se o diâmetro da comunicação interauricular for inferior a 5 mm, não é necessário qualquer tratamento especial; se o diâmetro for superior a 5 mm, pode recorrer-se à cirurgia e à oclusão interventiva minimamente invasiva.
Se a comunicação interauricular for pequena e o diâmetro for inferior a 5 mm, pode voltar a crescer por si só, pelo que não é necessário qualquer tratamento especial. No entanto, são necessários exames de ultra-sons regulares para avaliar a carga cardíaca direita e, se os sintomas se agravarem, é necessária uma intervenção cirúrgica.
Os defeitos do septo atrial relativamente grandes, com mais de 5 mm, são normalmente tratados com cirurgia tradicional, que requer uma incisão para reparar o defeito do septo atrial. Em alternativa, podem ser utilizadas intervenções minimamente invasivas, que não requerem uma incisão e introduzem um oclusor no vaso sanguíneo para obter um efeito terapêutico.
Os defeitos do septo atrial podem causar sintomas como cianose, pânico e falta de ar.