Para o tratamento das micobactérias nas mulheres, pode optar-se por medicação sistémica e local. A medicação sistémica pode ser administrada sob a forma de comprimidos de fluconazol 150 mg numa dose única ou sob a forma de comprimidos de micofenolato 50 mg por via oral 3 vezes por dia; os tampões vaginais podem ser administrados sob a forma de pessário de clotrimazol por via vaginal ou de pomada de diazóxido por via vaginal. Uma vez que a medicação oral para as micobactérias é mais irritante para o tracto gastrointestinal, as mulheres optam por tratar a vaginite micobacteriana por via vaginal. Se os esporos forem negativos, recomenda-se a consolidação do tratamento para outro curso e dois testes negativos consecutivos são considerados como uma cura.