A dispepsia orgânica é a dispepsia causada por uma patologia orgânica bem definida. As doenças orgânicas, como os tumores do aparelho digestivo, a gastrite crónica, as úlceras pépticas, as doenças pancreáticas, as doenças do fígado e da vesícula biliar, podem provocar sintomas de dispepsia, como a plenitude epigástrica, a dor na região epigástrica, as náuseas, os vómitos e outros sintomas que podem ser claramente identificados como sendo devidos a uma doença orgânica. Este tipo de dispepsia pode ser claramente identificado como sendo causado por uma lesão num dos órgãos e é conhecido como dispepsia orgânica. Para o tratamento da dispepsia neste tipo de doentes, para além da medicação convencional para melhorar a dispepsia, mas também de acordo com a causa da doença e tratar ativamente a doença original. Prestar atenção para manter uma boa dieta e hábitos de vida, as melhores refeições pequenas, evitar alimentos picantes e gordurosos, dieta leve.