A queratoconjuntivite fúngica é uma das formas mais graves, e mesmo com medicação 15-27% dos pacientes têm doenças não controladas porque o fungo é tão agressivo que pode entrar na câmara anterior a partir da córnea e tornará a endoftalmite mais difícil de controlar. Os antifúngicos actuais são pouco sensibilizados e não penetram bem, e os próprios antifúngicos têm efeitos tóxicos. As lesões típicas da córnea na ceratite fúngica podem ser vistas como tesselas fúngicas, pseudopods, focos satélites, anéis imunitários, manchas endoteliais, pus de câmara anterior e assim por diante. O pus na câmara anterior é 15-30% antes da perfuração da córnea, o pus tem micélio e a maior parte é pus reactivo. Quando o pus na câmara anterior é até 90% com micélio fúngico após a perfuração da córnea, a endoftalmite é difícil de controlar, por isso a conjuntivite fúngica é realmente assustadora.