A gastroscopia é recomendada nos seguintes casos: quando temos sintomas gastrointestinais superiores, como desconforto epigástrico, dor abdominal, inchaço, refluxo ácido, azia, disfagia, engasgamento, soluços, bem como perda inexplicada de apetite, perda de peso, anemia, etc., deve ser efectuada uma gastroscopia para excluir a presença de doenças do trato gastrointestinal superior. Além disso, em caso de hemorragia gastrointestinal superior aguda ou crónica de causa desconhecida, como vómitos com sangue, fezes negras, sangue oculto nas fezes positivo, etc., é necessário dirigir-se ao hospital para efetuar uma gastroscopia, a fim de esclarecer a causa da doença, por um lado; por outro lado, em caso de hemorragia de urgência, é possível efetuar atempadamente um tratamento de hemostase endoscópica, sendo também muito importante efetuar um exame aos grupos de alto risco, como os que têm antecedentes familiares de cancros do estômago e do esófago e os que se encontram em zonas de alto risco. É também muito importante examinar a população. A gastroscopia é também muito eficaz no acompanhamento de doenças que requerem seguimento, como a úlcera péptica, a gastrite atrófica com alterações intestinais evidentes, as lesões pré-cancerosas e o seguimento regular após uma gastrectomia major para evitar a ocorrência de alterações cancerosas. A endoscopia também pode ser utilizada para muitos tratamentos, como a remoção de corpos estranhos para tratamento endoscópico, tais como pólipos gástricos, tumores mesenquimatosos, massas submucosas do estômago e tumores do músculo liso do esófago, ou estenose esofágica, todos eles passíveis de tratamento endoscópico, sendo as condições acima referidas frequentemente utilizadas para a gastroscopia.