A tiroidite de Hashimoto pode ser tratada com comprimidos de levotiroxina e terapêutica com glucocorticóides, como a prednisona. Na fase inicial da tiroidite de Hashimoto, apenas os auto-anticorpos da tiroide são positivos, e não há sintomas clínicos, e na fase tardia da doença, pode aparecer hipotiroidismo. O tratamento clínico da tiroidite de Hashimoto centra-se principalmente no hipotiroidismo e nos sintomas de compressão do bócio. No caso do hipotiroidismo, podem ser tomados comprimidos de levotiroxina como terapêutica de substituição. No caso de aumento rápido da glândula tiroide com dor local ou sintomas de compressão, pode ser administrada terapêutica com glucocorticóides, como a prednisona, podendo a dose ser reduzida após o alívio dos sintomas. Recomenda-se que os medicamentos acima referidos sejam utilizados sob a supervisão de um médico, e os doentes com diagnóstico confirmado de tiroidite de Hashimoto são aconselhados a dirigir-se atempadamente ao hospital.