A tuberculose intestinal não pode ser diagnosticada de forma simples. A biopsia da mucosa intestinal pode confirmar o diagnóstico, mas é uma operação invasiva. Para além disso, o diagnóstico pode ser confirmado através da combinação da história clínica do doente, dos sintomas clínicos e dos exames auxiliares e, se necessário, do tratamento de diagnóstico.
A tuberculose intestinal deve ser considerada quando o doente tem tuberculose extra-intestinal (por exemplo, tuberculose pulmonar), com dor abdominal, diarreia, obstipação, etc., acompanhada de sintomas de intoxicação por tuberculose, tais como febre baixa, suores noturnos (transpiração anormal depois de adormecer, mas que pára depois de acordar); o exame com bário revela sinais de salto, úlceras, deformidades intestinais, estenose, etc.; a colonoscopia revela inflamação do íleo, úlceras, pólipos ou estenose.
Em casos altamente suspeitos, o tratamento anti-tuberculose pode ser tentado durante 2 a 6 semanas, e o diagnóstico de tuberculose intestinal também pode ser confirmado se os sintomas melhorarem significativamente.
O diagnóstico de tuberculose intestinal pode ser confirmado se uma biopsia da mucosa intestinal revelar granulomas caseosos ou se for encontrado bacilo antacidus no tecido da biopsia.
As lesões precoces da tuberculose intestinal são reversíveis e, se o diagnóstico de tuberculose intestinal for confirmado ou altamente suspeito, deve ser tratado precoce e ativamente para se obter o melhor prognóstico.